La SEPD es la sociedad científica que agrupa a la mayor parte de los especialistas de aparato digestivo, su misión es trabajar por la especialidad en su conjunto, no sólo por determinadas áreas de conocimiento dentro la misma, y representa institucionalmente a la especialidad ante el Ministerio de Sanidad dentro de la Comisión Nacional de la Especialidad de Aparato Digestivo (CNEAD) y en la Federación de Asociaciones Científico Médicas Españolas (FACME). Es por tanto la sociedad que ha sido contactada por el CGCOM para desarrollar la recertificación de esos mínimos generales que todo especialista de digestivo debe mantener.

La SEPD considera que las competencias de las que partir y que recertificar no pueden ser diferentes de las fijadas por la CNEAD, que debe ser referente en el proceso. La SEPD, además, ha pedido la colaboración de otras sociedades, asociaciones y grupos de trabajo del ámbito de digestivo.