Desde primeros del 2003 hasta Junio del 2004, fue Presidente de la SEPD el Dr. D. Manuel Díaz Rubio, el cual estuvo un año y medio de presidencia ya que se produjo un cambio en los estatutos que así lo acordó. El Dr. D. Manuel Díaz Rubio estuvo acompañado por los siguientes miembros de la Junta Directiva, Presidente Electo Dr. D. Juan Ramón Malagelada Benaprés, Vicepresidentes: Dr. D. Miguel Muñoz Navas y Dr. D. Carlos Pera Madrazo, Secretario: Dr. D. José Luis Rodríguez Agulló, Vicesecretario: Dr. D. Diego Juzgado Lucas, Tesorero: Dr. D. Rafael García Grávalos y Vocales: Dr. D. Fernando Azpiroz Vidaur, Dr. D. Francisco Javier Pellicer Bautista, Dr. D. Francisco Suarez López y Dr. D. Manuel Valenzuela Barranco. Como acontecimientos más destacables de este mandato se produjo una reorganización de la estructura de los Estatutos de la SEPD, actualmente vigentes, y supuso una nueva forma de interpretar nuestra especialidad Sociedad. También se creó un Comité Científico independiente de la Junta Directiva y se realizó nuevos empujes para potenciar la Revista, incorporando el idioma inglés lo que aumento significativamente su factor de impacto. Otro de los logros fue dotar a la Sociedad de un sistema gerencial, contratando a una Gerente por primera vez en la historia de la SEPD (5)

Desde Junio del 2004 hasta Junio del 2008, tomo posesión como Presidente de la SEPD el Dr. D. Juan Ramón Malagelada Benaprés y los siguientes cargos de la Junta Directiva: Vicepresidente: Dr. D. Fernando Azpiroz Vidaur, Secretario: Dr. D. Manuel Valenzuela Barranco, Tesorero: Dr. D. Pedro Luis Menchén Fernández-Pacheco y Vocales: Dra. Dª Marina Berenguer Haym, Dr. D. Juan Esteban Carretero, Dr. D. J. Enrique Domínguez Muñoz y Dr. D. Francisco Guarner Aguilar. Durante este periodo se profundizó en la adaptación de la SEPD a los criterios y estándares propios de las Sociedades médicas modernas. Se acentuó la gestión profesional de la SEPD consolidando su gerencia y también negociando condiciones favorables para la realización del Congreso anual de forma competitiva entre diversas agencias. Se estableció la Semana de las Enfermedades Digestivas (SED), celebrándose por primera vez del 19 al 23 de Junio del 2006 en Granada, esta idea ya había sido concebida anteriormente durante pasadas presidencias, concretamente durante el periodo de Presidencia del Dr. José Ferrando Cucadella ( 1993-1994), se trabajó en la organización de la “Semana Gastroenterológica” (3), pero fue en el 2006 de manos del Dr. Malagelada como presidente de la SEPD y del Dr. Manuel Valenzuela, presidente del Congreso, cuando se realizó por primera vez, este Congreso fue un importante éxito para la Sociedad. El objetivo principal de este evento fue la potenciación de sinergias entre diversas sociedades con intereses específicos o sectoriales en el campo de digestivo, agrupando las actividades de las filiales con las de la Sociedad. Se expandió la internacionalización del congreso introduciendo el curso SEPD - United European Gastroenterology Federation como contrapartida europea al curso SEPD -American Gastroenterology Association de larga tradición. Se potenció la cooperación con la Sociedad Mejicana, con el Simposio Hispano-Mejicano y también se establecieron vínculos de cooperación efectiva con el sector de medicina generalista, incorporando una sesión conjunta. Por tanto, se procuró incrementar la profundidad y calidad científica de la SED otorgando la máxima independencia al Comité Científico encargado de la programación (6).

Desde Junio del 2008 hasta Junio del 2012, la Presidencia fue ocupada por el Dr. D. Enrique Domínguez Muñoz y los siguientes miembros de la Junta Directiva, Vicepresidente: Dr. D. Enrique Rey Díaz-Rubio, Secretario: Dr. D. Federico Argüelles Arias, Tesorero: Dr. D. José Luis Calleja Panero y Vocales: Dr. D. Miguel Bixquert Jiménez, Dr. D. Leopoldo López Roses, Dr. D. Fernando Carballo Álvarez y Dr. D. Víctor Orive Cura.